Výstavba kostela

Současný kostel v sobě obsahuje zbytky starší stavby, která měla užší a nižší loď, než je ta současná, a nepochybně také menší presbytář. Někdy mezi lety 1340-1350 bylo ke starší lodi připojeno obdélné kněžiště se sakristií stejné délky. Východní část doudlebského kostela budovala stavební huť, která podobným způsobem přestavěla závěr kostelů Všech svatých v Kamenném Újezdě, sv. Prokopa a sv. Jana Křtitele na Starém městě v Českých Budějovicích a sv. Jakuba Většího v Boršově nad Vltavou.

Kněžiště a sakristie na obdélném půdorysu byly sklenuty dvěma poli křížové klenby, jejíž cihlová žebra vybíhají na stěnách z kamenných jehlancových konzol. V místě všech křížení žeber jsou vsazeny svorníky s reliéfem pětilisté růže, která je zde chápána především jako symbol Panny Marie. Interiér obou prostor byl po dokončení vyzdoben rozsáhlým cyklem nástěnných maleb. Při opravách v letech 1903-1904 byla odkryta a zabezpečena část maleb na jižní a západní stěně sakristie.

Výraznějších změn se doudlebský chrám dočkal na konci 15. století. Při pozdně gotické přestavbě v době kolem roku 1490 byla z větší části zbourána úzká kostelní loď. Na jejím místě povstala loď nová o téměř čtvercovém půdorysu, se strmou polovalbovou střechou. Po celém obvodu ji obíhá okosený kamenný sokl a na půdě se dosud zachoval její východní štít s větracími okénky. Do západní zdi byl vsazen kamenný vstupní portál s půlkruhovým záklenkem, který se v podvěží zachoval dodnes. Úpravou prošlo také kněžiště, kde byl do stěny vsazen kamenný sanktuář – schránka na Nejsvětější Svátost s kovanými dvířky a štítkem tvaru oslího obloučku, na jehož vrcholové konzole stála původně socha Bolestného Krista (Ježíš s ranami po ukřižování ukazuje na ránu ve svém boku). Jako poslední byl někdy mezi lety 1530-1540 prolomen jižní pravoúhlý vstup lodi v nadpraží ozdobený štítkem s vytesaným reliéfem pětilisté růže.